出雲駅伝の最大の特徴は「高速駅伝」であること、学生としてグローバルな世界観の構築のために海外の大学を招待(第３回大会時にサンフランシスコ州立大学、上海体育運動技術学院、第１０回大会から現在まで、アメリカ・IVYリーグ選抜チーム、第１４回大会時に韓国大学選抜チーム)していることなどにあります。
第１回大会は、「平成記念出雲くにびき大学招待クロスカントリーリレーフェスティバル」の名称で開催し、次走者への引継ぎは、タスキではなくボディータッチで行うものでした。
第２回大会からタスキで引き継ぐことになり、名称も「出雲くにびき全日本大学招待ロードレース大会」に変更し、第６回大会からは「出雲全日本大学選抜駅伝競走」に名称変更。
そして、第１０回大会からは、スタート地点を出雲大社正面鳥居前に、第１３回大会からは、フィニッシュ地点を現在の出雲ドーム前に変更。第２１回大会でも平田地域のコースを一部変更し、現コースに至っています。
また、「出雲駅伝」の略称は、第１９回大会に愛称化され、翌２０回の記念大会から正式略称となりました。
平成２１年には、２０年の歩みを振り返り、出雲駅伝２０年史を発刊しています。
| 平成 元年(1989) | 平成記念出雲くにびき大学招待クロスカントリーリレーフェスティバルの名称で、第１回大会を開催（１０月１０日 ８：４０スタート） スタート：浜山公園陸上競技場 フィニッシュ：浜山公園陸上競技場（６区間：４２．６ｋｍ）
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| 平成 ２年(1990) | 出雲くにびき全日本大学招待ロードリレー大会に名称変更 | ||||||||||||
| 平成 ６年(1994) | 出雲全日本大学選抜駅伝競走に名称変更 | ||||||||||||
| 平成 ７年(1995) | 山梨学院大学が大会５連覇（第３回～第７回大会）を達成 | ||||||||||||
| 平成１０年(1998) | スタート地点及び各中継所を変更 スタート：出雲大社正面鳥居前 フィニッシュ：浜山公園陸上競技場（６区間：４３．１ｋｍ）
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| 平成１３年(2001) | フィニッシュ地点及び各中継所を変更。 スタート：出雲大社正面鳥居前 フィニッシュ：出雲ドーム前（６区間：４４．０ｋｍ）
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| 平成１９年(2007) | 東海大学が大会史上３校目となる大会３連覇（第１７回～第１９回大会）を達成 | ||||||||||||
| 平成２０年(2008) | ２０回記念大会枠として、過去の優勝チームである大東大を招待し、２２チームで開催 | ||||||||||||
| 平成２１年(2009) | 平田地域のコースの一部を変更し、第３、第４中継所も変更。 スタート：出雲大社正面鳥居前（勢溜） フィニッシュ：出雲ドーム前（６区間：４４．５ｋｍ）
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| 平成２６年(2014) | 平田地域のコースの一部を変更。 スタート：出雲大社正面鳥居前（勢溜） フィニッシュ：出雲ドーム前（６区間：４５．１ｋｍ）
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